碳排放配额总量、分配与履约
由于碳市场对配额总量进行了限制，因此每个配额都具有一定的价值(即碳价)，总量设定越严格也意味着碳价高、企业控排成本高，有违我国以低成本实现“双碳”愿景的初衷。目前我国全国碳市场是一个基于强度的碳排放权交易市场，根据“自下而上”的方式确定配额总量，考虑了2013-2019年任一年排放达到2.6万吨二氧化碳当量的企业，配额总量约为45亿吨，约占我国全年碳排放量的40%，分配方式采用的是“以基准线法为主”的免费为主、拍卖为辅，主要采用基于行业碳排放绩效基准的免费配额分配方法。
碳排放配额履约指重点排放单位按照主管部门的要求提交不少于其上年度经审核排放量的配额(CEA)或抵消量(CCER)，履约是碳市场交易履约周期最重要的环节之一。重点排放单位主要通过自身减排、购买配额、购买抵消信用抵消自身排放三种方式控制碳排放配额与实际排放量相等或接近，并按实际碳排放量清缴配额。目前全国碳市场第一个履约周期为2021年1月1日至2021年12月31日，履约的年度为2019-2020年度，履约完成率为99.5%，运行健康有序，碳价稳中有升。
随着全国碳市场的逐渐成熟，相应的制度规则也将进一步完善，碳排放配额总量的设定将适度收紧。我们认为，随着覆盖行业的逐步纳入，未来配额总量也随之增加到接近全国碳排放量值，全国碳市场将从基于强度减排的总量设定方式逐步过渡向基于总量减排的方式，助力我国如期实现“二氧化碳排放在2030年前达到峰值，在2060年前实现碳中和”的目标。
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碳排放配额总量与分配
全国碳市场能够长足有效发展取决于“政策严，数据准，市场活”三个方面，其核心原理是配额的总量与交易，而配额的总量是政府一定时间跨度内发放配额数量的上限，所覆盖的排放源对全国碳减排贡献起着决定性作用。由于碳市场限制了配额总量，并为此设立了交易市场，因此每个配额都具有一定的价值(即碳价)，总量设定越严格也意味着可分配配额的绝对数量越少，体现为配额稀缺程度高、碳价高、企业控排成本高，有违我国以低成本实现“双碳”愿景而设立碳市场的初衷，因而碳排放配额总量与分配方式至关重要。
配额总量
碳排放配额是指重点排放单位拥有的发电机组产生的二氧化碳排放限额，包括化石燃料消费产生的直接二氧化碳排放和净购入电力所产生的间接二氧化碳排放。而配额总量的确定方法通常有以下两类：
1)自上而下法，又称绝对总量法，一开始就对重点排放单位可获得配额总量的上限进行设定，便于监管机构进行管理、便于相应市场参与者对总量更好地把控;
2)自下而上法，又称强度总量、相对总量法，即对每单位产出或投入所发放的配额数量进行设定，然后加总得到碳交易体系的配额总量上限。这个配额总量随着整个经济体减排目标性质、政策制定者限制排放决心、未来经济增长不确定水平、数据可得性等因素的变化而变化，便于与其他碳市场进行衔接。
目前在欧美等发达国家和地区，已建成的碳排放权交易体系都是基于“自上而下”法确定配额总量的碳市场，拥有预先设定的碳排放总量，而我国全国碳市场的配额总量主要通过以下三个步骤确定：
1)省级生态环境主管部门按照各自行政区域内重点排放单位前一年的实际产出量、确定的配额分配方法以及碳排放基准值对各重点排放单位的配额数量进行核定;
2)核定后由各省级生态环境主管部门将行政区域内重点排放单位的配额数量加总，形成省级行政区域配额总量;
3)将各省级行政区域配额总量再进行加总，最终确定全国配额总量。
由此可见，运行初期的全国碳市场是一个基于强度的碳排放权交易市场，与发达国家现有碳市场的总量控制和交易(即Cap and Trade)体系存在着本质上的区别。碳市场的配额总量与覆盖范围、减排目标、未来经济增长率等因素都息息相关。以初期的欧盟碳市场为例，由于市场设计者高估了所覆盖行业的经济增长速率，导致实际的碳排放量远远不及预先设定的配额总量，在没有及时调整配额总量之前欧盟碳市场始终成效不佳。
反观我国，2021年全国碳市场的配额总量设定考虑了各省、市、自治区发电行业(含其他行业自备电厂)在2013-2019年任一年排放达到2.6万吨二氧化碳当量(综合能源消费量约1万吨标准煤)及以上的企业或者其他经济组织的碳排放核查结果进行筛选确定，配额总量约为45亿吨，约占我国全年碳排放量的40%，随着碳市场的不断成熟壮大还将纳入新的高排放高耗能行业。
全国碳市场是结合了中国特色的碳排放权交易体系，既是一个多行业、可交易的碳排放绩效基准，还具有可预估的、灵活的、不固定的总量，且在控制化石燃料燃烧产生的直接碳排放之外还考虑了电力和与热力环节涉及的间接碳排放。这也是我国立足于实际国情，从帮助国家及地方以最低成本实现碳减排这一角度出发，对碳排放权交易总体方案进行了设计与改进的结果。
配额分配
配额总量确定之后，就需要对配额进行分配。对重点排放单位而言，碳排放配额分配是交易制度中与其联系最紧密的环节，直接决定了参与碳市场的成本，影响了产量的设定、投资地点的布局以及碳成本转接到消费者的路径选择等方面的决策。因此，碳市场配额分配甚至直接影响到国家通过碳市场减排的成本。
因此，政策制定者在确定配额分配方法时会从碳市场平稳过渡至下一阶段、降低碳泄漏风险、低成本实现碳减排、增加公共资金、等方面综合考虑后再形成具体可实施的方案。放眼全球来看，目前碳排放配额的分配方式一般有免费分配与有偿分配两种。
其中，免费分配法可分为历史排放法与行业基准值法，有偿分配法又可分为拍卖法与固定价格法。
历史排放法是指以重点排放单位历年平均碳排放数据为依据进行配额发放，是一种便于碳市场平稳过渡的有效方式。由于该方法不考虑重点排放单位具体生产情况，如果配额分配水平没有随着企业实际碳排放量进行调整，企业极有可能通过减产而非提升低碳技术达成减排。
行业基准法简称“基准法”，是指基于行业碳排放绩效基准配额分配方法，重点排放单位或单位可获得的碳排放配额EA等于重点排放单位或单位所属行业的碳排放基准值B(近似于行业内每生产一单位产品的碳排放水平)与排放企业或单位的实际活动水平C(近似于企业实际产量)相乘得到，写作公式可以表示为EA=B*C，随着碳市场不断发展壮大，基准值设定将会越来越严格，重点排放单位获得的配额量也会减少。该方法适用于生产流程及产品样式规模标准化的行业，是一种自下而上的分配方式。